次氯酸水間歇性於環境中噴灑,應用於農業、養菇、蘭花、溫室作物、畜牧、牛、豬、雞舍等,可降溫、活化空氣、增加負離子、消毒滅菌及除臭,使環境獲得改善,牲畜抗生素及病菌用藥減少,溫室植物病菌無法孳生,殺菌率可達99.999%是傳統漂白水80~150倍,可瞬間消滅細菌及病毒。
次氯酸殺菌水在農業種植生產中,可用於育苗時的消毒殺菌和作物出場時的清洗殺菌,無論室外田還是溫室均可以通過噴灑直接作用於作物和土壤,抑制病蟲害的發生,減少農藥的使用量。使用時不受天氣的影響,並且不需要噴灑農藥時的防護措施,溫室內有人員在時也可施用。由於次氯酸殺菌水不具有毒性,在利用蜜蜂進行授粉的溫室中噴灑使用時,也不會影響到蜜蜂飛行採食花粉的行為,但使用農藥則不行。而且經次氯酸殺菌水噴灑後的農作物可以直接食用。另外,利用次氯酸殺菌水抑制病蟲害,不會引起連作障礙。隨著種植技術不斷改良,草莓的農藥問題已被重視,除了推廣不使用農藥的栽種法,農會也開始在草莓上使用微酸性的次氯酸溶液。苗栗縣大湖地區農會推廣組股長林鴻鑑說,次氯酸有殺菌的效果,能預防草莓遭受黴菌侵害,噴灑之後也容易揮發,對人體沒有影響。另外,草莓噴灑過殺蟲劑之後,立即使用次氯酸,也有助於分解殘留的化學藥劑。