1.黑疆菌(Metarhizium
anisopliae)，是一種能使昆蟲致病的真菌，常被用於防制蠐螬等地下害蟲、天牛等蛀乾害蟲以及蘋果食心蟲，並且對蚊子幼蟲有效。黑殭菌對人畜十分安全，並且對天敵也無影響。黑殭菌需通過對害蟲皮膚感染，使分生孢子在昆蟲體表萌發，並界芽管侵入體內，從而使昆蟲被感染，這種特性對於防治刺吸口器害蟲或土壤害蟲更為有利。
2、菌根菌，其有專一性，菌根菌的主要作用在幫助植物的根毛吸收根圈2mm附近的養分，也就是讓植物的根多了一些吸附的機制，增加養分的吸收。在田間的是施用上，如果土壤中有機質，尤其是有機碳的含量若未能高於2%（台灣有不少土壤的有機碳含量不及2%）以上，其實效果有限。如考慮施用，會建議您多施用一些肥料碳氮比在15以上的有機肥，會比較有幫助。
3、溶磷菌，因為以前施用的磷的化肥，其真正被植物利用的比例僅為所施量的5-10%，其餘大部分的磷會吸附、固定在土壤膠體上，甚至是形成難溶性的磷酸鹽而無法被利用。吸附的磷藉由土壤pH值的改變或是濃度梯度即可脫附而植物利用，固定性的磷有一部份，可藉由溶磷菌的幫忙而被釋出，因而被植物利用。如果沒有記錯的話，溶磷菌最有效的的土壤環境是有機質含量不高，且土壤pH值在4以下時，效用會最大，如果土壤溶液中有效磷的濃度高時，溶磷菌的作用就不明顯。雖然功效沒有很高，但是對於固定於土壤中的無效磷轉化成有效磷的功效仍是會繼續的，可有助於減少磷肥的施用。
4.光合菌
在農業應用方面，光合菌常被用來做為土壤改良資材，不僅能修復因長期使用化學肥料與農藥導致酸化、鹽化的土地，也可提昇作物的品質、產量以及抗病能力。
5.木黴菌
木黴菌在植物病害防治上之應用有關木黴菌在病害防治上的應用報告，在1934年 Weindling 首先將木黴菌應用於防治
Rhizoctoniasolani所引起的病害，爾後木黴菌陸續被研究証明是最具潛力的生物防治真菌之一，依文獻所載可被防治的病原病害包括鐮胞菌引起的萎凋、根腐病，如Fusarium
oxysporum 所引起的萎凋病及Fusariumsolani 、Fusarium colmorum 所引起的根腐病。
6.蘇力菌
蘇力菌屬細菌類寄生性天敵，目前已有上市蘇力菌產品，蘇力菌成品是一種結晶孢子囊，孢子囊被昆蟲攝食，經食道進入中腸後，即被昆蟲胃液溶解，而釋放出毒蛋白，先造成中腸麻脾，再穿透腸璧薄膜組織，致昆死亡，死亡蟲體呈黑褐色，並滲出惡臭黏液。
蘇力菌多寄生在鱗翅目類幼蟲，及少數雙翅目及鞘翅目幼蟲體上，蘇力菌可製成粒劑直接施放在植株上，亦可製可濕性粉劑加水稀釋噴灑防治害蟲，目前主要推廣在防治超甜玉米螟蟲及蔬菜小菜蛾。
7.放射菌
放線菌在土壤中主要扮演：(1)分解有機質；(2)抑制或促進其他生物或植物的生長；(3)轉化化學物質或有用的物質，(4)可以產生多種抗生素及胞外酶(ectoenzyme)，例如分解蛋白質、纖維質、蟹殼質，故可利用此性質應用於對付具有蟹殼質細胞壁的微生物(Krause
et al., 1985; Bailey and
Coffey,1986)。例如添加蟹殼質或幾丁質到土中，主要因放線菌所分泌的幾丁質分解酵素可引起病原菌絲的溶解。
8.蕈狀芽孢桿菌
內含有益微生物Bacillus mycoides，此微生物可進入植物體中與植物共生，經試驗證實施用蕈狀芽孢桿菌可有效促進植物生長，提高作物對逆境之耐受性，可有效改善根圈土壤環境，增強植物養分吸收。
9.枯草桿菌
枯草桿菌會與病原菌競爭根系中的營養分，進而成為優勢菌種，降低病原菌的危害；加上可以產生內生孢子，在逆境下容易存活；且在產孢過程中，可產生對多種病原菌有抑制作用的抗生物質，應用性極廣。因此倍受重視。
枯草桿菌不僅可以直接噴灑在植物葉片上，保護葉部免受真菌病害，例如菜豆銹病，也可施用在土壤中或做種子拌種處理，以預防土壤病害。牠對於多種作物的生長，尤其是根部的發育，有極為明顯的促進作用，還可做為蔬果採收後防止腐敗的抗真菌劑，例如防治桃褐腐病與柑橘青黴病等。
